臺大藝術史研究所旨在從事藝術史學術研究，其方法為以藝術鑑賞學為基礎，輔以文化史脈絡的探索和詮釋，力求跨學科之整合研究，目的在培養藝術史研究之專門人才，有助緩解國內藝術史師資之缺乏，為博物館或其他文化機關造就研究與維護文化資產人員，並培育推廣教育人才，以推行文化資產維護及發揚，落實人文教育理想。
臺大藝術史研究所以研究中國藝術史為主，並擴展至亞洲地區藝術文化交流之探討，包括繪畫、書法、陶瓷器、青銅器、佛教藝術、臺灣美術、臺灣和亞洲建築史、東南亞考古美術史，及亞洲工藝美術史等範疇，每學期針對各個範疇開設基礎課程及專題課程，期能循序漸進地培養出研究生獨立研究的專業能力。
綜合上述，臺大藝術史研究所之教育目標特色為：以藝術史學為基礎，並以文化史為脈絡，力求跨學科之整合研究，目的在培養本領域專精之學術研究人員與教學人才，以服務社會。並以中國繪畫史及書法史、亞洲工藝與建築、臺灣藝術和佛教藝術等三大領域為研究對象，訓練研究生。
臺大藝術史研究所前身為歷史研究所中國藝術史組（1971至1989年），於1989年8月獨立成所，招收碩士班研究生，其後經十年籌備，於2000年增設博士班。臺大藝術史研究所發展可分孕育時期與獨立發展時期。
(1). 孕育時期（1971年6月至1989年7月）
1971年6月，臺大校務會議正式通過文學院歷史研究所與故宮博物院合作，在歷史所下增設中國藝術史組。由臺大奉教育部民國六十年八月三十日臺高字第19573號令核准，於同年十月招考研究生，中國藝術史研究乃在歷史所中國藝術史組名下萌芽。
歷史所為中國藝術史組第一年開設的課程為「中國美術考古學史」及「比較藝術史」，並敦聘香港大學的莊申教授來臺講授，自此開啟學生將中國藝術史置於中、日、韓藝術史傳統架構中，並以文化史視野加以理解的角度。此外，在歷史所名下的中國藝術史組，除藝術史的本科課程外，歷史學亦為學生的重要訓練。
中國藝術史組成立初期，由於故宮需求中國藝術史研究人才甚殷，乃主動挹注大量資源，充分發揮合作者的積極效用。其尤著者為課程規劃、師資提供，以及引入美國亞洲基金會（Asia Foundation）的財力贊助等。在課程方面，凡由故宮專家任課者，教授及同學皆享有利用故宮藏品之特殊便利，此不僅為國內其他美術研究所所無，亦為歐美研究所之所無。得以面對藝術品原件，以第一手資料上課，成為此階段學生接受課程訓練的主要特色。又因為故宮的積極參與及引進亞洲基金會贊助，使得中國藝術史組學生在生活及購買昂貴藝術史圖書上，較諸當時其他學科的研究生有更充裕的財源。
經過三年的合作，亞洲基金會自六十四學年度起停止贊助。故宮博物院於民國六十四年一月九日函告停止與臺大合作，並期望臺大單獨成立藝術史研究所，造就中國藝術史之研究及博物館專業所需人才。為因應此局，歷史系於1975年1月13日召開六十三學年度第二次系務會議，討論故宮有意停止合作等事宜。最後因缺乏相關藝術史參考品與教員，難以單獨訓練藝術史人才，在全體與會者同意下，決議中止藝術史組招生。所幸此次決議並未付諸實行，根據臺大綜合資料，從1971年至1975年，中國藝術史組每年都有新研究生加入。
＊陳捷先教授與臺大藝術史研究所 陳葆真老師撰文（臺大藝史所名譽教授）
這段時期的中國藝術史組仍由歷史所掌理，在藕斷絲連中，歷史所一方面在不佔歷史所名額、不妨礙其發展的原則下為藝術史組敦聘教師；另一方面，也持續對藝術史組學生強調歷史學訓練的重要性。於是，在研讀本科專業科目之餘，對歷史訓練的基本要求成為此時期藝術史組學生的特質。但中國藝術史組與歷史研究所藕斷絲連的關係終於凝聚成終止的共識，歷史所正式透過所務會議通過與中國藝術史組分離，中國藝術史組開始邁向獨立。
中國藝術史組的改制始於1981年。七十學年度第一學期教務會議正式通過，擬自七十二學年度起改制為「國立臺灣大學文學院中國藝術史學研究所」，先設碩士班，原設於歷史所的藝術史組則予撤銷。1985年，這項經所、院通過的改制決議，未獲教育部核准。歷史系系務會議決議下學年繼續提出，直至1989年3月，教育部依行政院七十八年二月十五日臺教4091號函通過改制成立研究所，藝史所遂於1989年8月正式成立。
(2). 獨立發展時期（1989年迄今）
1989年8月臺大藝術史研究所正式成立，並於是年8月與歷史系合辦「民國以來國史研究的回顧與展望」國際學術研討會，這似乎是對附於歷史研究所名下時期的總結，也反映了發展中的藝史所對自身學科性質的認知──強調與歷史研究的密切關係。同時，臺大藝術史研究所尋找作為獨立研究所的特質反映於同年六月首次招生的科目與報名資格上，使學生大學所學的基礎課程涵蓋更廣泛，學生源自的大學科系更多樣。
在教學資源及空間利用方面，臺大藝術史研究所經幾度遷徙，終在2000年擁有較寬闊而獨立的空間，令師生得以研究切磋。臺大藝術史研究所資料室成立於1989年1月，位於研究圖書館四樓原三民所使用之空間，存放原存於視聽館的幻燈片、照片，以及國內無法取得之重要論文資料複印檔案。1991年4月，資料室由研究圖書館搬至舊總圖後棟二樓。1992年，辦公室及資料由舊總圖後棟二樓搬至文學院一樓。2000年8月，辦公室及資料室再由文學院一樓搬至舊總圖後棟二樓，除一間語言所所屬的語音實驗室因視聽器材不易搬動，仍保留給該所之外，二樓整層為臺大藝史所空間，包含教室、學生資料室、小圖書館、辦公室及老師研究室等，在行政組織及教師資源上也較從前完美。
1994年3月，藝術史學術期刊《美術史研究集刊》創刊，以年刊形態發行，2000年改為半年刊，使全所師生及學界藝術史研究的最新成果得以有發表的園地，並廣擴稿源，除了臺灣學者之外，亦有來自世界各國學者的文稿。此外，全所師生亦推動舉辦多場學術研討會。
本所碩士班成立於1989年；博士班成立於2000年。
1989年本所正式成立，只設碩士班。本所碩士班的成立背景是基於當時國內中學以上的學校已推行文化史教育多年，再加上經濟起飛，各界逐漸對藝術作品及其相關的文化事業之重要性有了新的認識，社會各層對此領域之專業人才需求孔急。1989年，臺灣大學評量「中國藝術史組」設立已達十八年，培養人才有成，績效良好，為因應社會各方面之需求，遂於1989年成立本所碩士班。
1980年代之後，由於全球步入電子化時代，影像的傳佈日益快速，因之而起的視覺藝術和文化活動更受關注。同時，國內各界也漸漸注意到文化遺產和文物保護的重要性。而藝術史專業知識便是以上各項工作之基礎，因此社會各界對藝術史專業的研究人員之需求更有增無減；而本所碩士班成立了十一年之後，績效優異，培養之人才服務於國、內外的大學、博物館、和社會上各相關部門，表現良好。本所為了進一步提供各文化研究機構所需，遂於2000年在原有的基礎上成立博士班。
藝術史研究所將以文化史為脈絡，進行藝術文物發展體系的歷史瞭解。此方向將與傳統研究有所不同。一方面立足於堅實之藝術鑑賞學基礎之上，另一方面則力求跨學科之整合，利用本校之文學、哲學、思想、政治史、經濟社會史、人類學、考古學等學門之既有學術資源，進行藝術史學之新開展。事實上，藝史所一直朝向此目標努力不懈，且已發行之《國立臺灣大學美術史研究集刊》，以中、英文刊載中外學者不同角度的中國美術史研究成果，已獲學界正面評價。在博士班成立後，研究人員增加，更可助使此集刊內容之擴充及多方面之研究發展。
藝史所為未設大學部之獨立研究所，鑑於編制有限之考慮，以中國藝術史之研究為主，並拓展領域至亞洲藝術，踏實地追求教研績效。領域以繪畫史、書法史、工藝美術史、亞洲建築史、佛教藝術史、臺灣美術史、亞洲區域美術考古等七大領域為主，培育專精之研究教學人才。
藝史所除專精於中國本土之研究外，亦將逐漸拓展對外藝術文化交流史之研究工作。近年來，藝史所已進行中日之間繪畫交流史、工藝美術交流史之部分研究，及東亞區域研究計劃，並獲致初步之成果。將來計劃擴展至韓國、東南亞、中東、歐洲等區域，以期為下一階段更廣闊之教研領域奠定良好之基礎。
建立藝術史研究資料中心為藝史所進行研究發展之必要工作，亦為數年來之工作重點。目前本所在「建輝」及「永大」二基金會之熱心贊助之下，已積極進行中國書畫及器物圖像之建檔工作及推動數位化。未來藝史所將進一步謀求與國外重點美術館及大學合作，廣搜海外藝術遺珍資料，以及國際藝術史學界之研究成果，分類編目建檔處理，開放供國內外研究者使用。並將刊行目錄、索引，以推動國內之藝術史研究而發展成世界性之藝術史研究資料中心。
與國內外各公、私立美術館、博物館及文化機構建立合作計畫，加強彼此之間師、生交換講學及研究活動，推動舉辦具規模之學術性展覽及各種文化保存、推廣、教育工作，協助提升現有之典藏及研究品質，並經此強化藝史所研究生對文化推展工作之體認，提昇藝術史的教學研究水準。
本所在多年來所累積的堅實基礎之上，將在以下幾方面持續努力，並提升國際競爭力：